音乐剧系设有：音乐剧专业（音乐剧表演方向）和表演专业（北京曲剧方向）。

音乐剧专业（音乐剧表演方向）：培养具有综合文化艺术素质，系统掌握音乐剧表演艺术方法、创作技能和专业理论，音乐、舞蹈、台词基本功扎实，能够运用音乐剧表演创作技巧从事舞台艺术创作的高素质综合性表演人才。

开设的主要课程：声乐基础、表演基础、音乐剧表演、音乐剧演唱、音乐剧表演创作、音乐剧合唱、台词、舞蹈基训、音乐剧舞蹈、音乐剧音乐基础、毕业创作、毕业论文、就业专业指导、英语、中外戏剧史等专业及公共必修课程。

表演专业（北京曲剧方向）：培养具备深厚文化底蕴、专业舞台表演功底、良好职业道德与创新能力的，能够胜任北京曲剧的传承、创新与发展，推动北京曲剧繁荣发展，助力剧团发挥创建首都文化中心建设的“复合型”人才。

开设的主要课程：北京曲剧唱腔、声乐、台词、中国舞基训、戏曲身段技巧、表演基础（北京曲剧）、北京曲剧剧目、中国传统话剧表演、音乐基础（北京曲剧）、北京曲剧史、北京曲剧毕业剧目创作、毕业论文、职业发展与就业指导、英语、中外戏剧史等专业及公共必修课程。